Ассамблея была задумана как консультативный институт для обсуждения политических и социально-экономических проблем, аспектов парламентского сотрудничества и других вопросов, представляющих общий интерес. В период с 1993 по 1995 годы в состав МПА СНГ вошли Азербайджан и Молдова.
26 мая 1995 года статус МПА СНГ как самостоятельной межгосударственной организации окончательно закрепился на заседании Совета Глав Государств СНГ в Минске. Руководители стран Содружества, стремясь к дальнейшему развитию сотрудничества государств в политической, экономической, правовой областях, подписали Конвенцию о Межпарламентской Ассамблее государств — участников Содружества Независимых Государств.
Конвенция определила, что МПА СНГ состоит из парламентских делегаций государств-участников. В документе также обозначены главные направления деятельности Межпарламентской Ассамблеи: обсуждение вопросов сотрудничества в самых разных областях, создание типовых (модельных) законодательных документов для государств Содружества, которые служат ориентиром в развитии и сближении законодательства стран Содружества, содействие обмену информацией правового характера и т.д.
В настоящее время в состав организации входят парламенты 10 стран Содружества, Ассамблеей приняты 600 модельных законов и других документов.
Принятая Конвенция закрепила право МПА СНГ заключать международные договоры. За годы своей работы организация стала авторитетной структурой и подписала соглашения о сотрудничестве с рядом ведущих международных организаций.